Carmin.tv

Mathématiques
et Interactions

Merci de nous donner votre avis pour que nous puissions améliorer votre expérience !
Arithmetic Geometry – A Conference in Honor of Hélène Esnault on the Occasion of Her 70th Birthday
20 videos

Arithmetic Geometry – A Conference in Honor of Hélène Esnault on the Occasion of Her 70th Birthday

Multidimensional symbolic dynamics and lattice models of quasicrystals / Dynamique symbolique multidimensionnelle et modèles de quasi-cristaux sur réseau
5 videos

Multidimensional symbolic dynamics and lattice models of quasicrystals / Dynamique symbolique multidimensionnelle et modèles de quasi-cristaux sur réseau

Not Only Scalar Curvature Seminar
58 videos

Not Only Scalar Curvature Seminar

Clément Delcamp : Topological Symmetry and Duality in Quantum Lattice Models
2 videos

Clément Delcamp : Topological Symmetry and Duality in Quantum Lattice Models

Toutes les collections
CIMPA
CIRM
IHES
IHP
LMR
SMF
Tous les instituts
Mathematical Methods of Modern Statistics 2 / Méthodes mathématiques en statistiques modernes 2

Collection Mathematical Methods of Modern Statistics 2 / Méthodes mathématiques en statistiques modernes 2

Organisateur(s) Bogdan, Malgorzata ; Graczyk, Piotr ; Panloup, Fabien ; Proïa, Frédéric ; Roquain, Etienne
Date(s) 15/06/2020 - 19/06/2020
URL associée https://www.cirm-math.com/cirm-virtual-event-2146.html
00:00:00 / 00:00:00
13 25

Knockoff genotypes: value in counterfeit

De Chiara Sabatti

The framework of knockoffs has been recently proposed to perform variable selection under rigorous type-I error control, without relying on strong modeling assumptions. We extend the methodology of knockoffs to a rich family of problems where the distribution of the covariates can be described by a hidden Markov model. We develop an exact and efficient algorithm to sample knockoff variables in this setting and then argue that, combined with the existing selective framework, this provides a natural and powerful tool for performing principled inference in genomewide association studies with guaranteed false discovery rate control. To handle the high level of dependence that can exist between SNPs in linkage disequilibrium, we propose a multi-resolution analysis, that simultaneously identifies loci of importance and provides results analogous to those obtained in fine mapping.

This is joint work with Matteo Sesia, Eugene Katsevich, Stephen Bates and Emmanuel Candes.

Informations sur la vidéo

Données de citation

  • DOI 10.24350/CIRM.V.19642903
  • Citer cette vidéo Sabatti, Chiara (03/06/2020). Knockoff genotypes: value in counterfeit. CIRM. Audiovisual resource. DOI: 10.24350/CIRM.V.19642903
  • URL https://dx.doi.org/10.24350/CIRM.V.19642903

Domaine(s)

Bibliographie

  • SESIA, Matteo, SABATTI, Chiara, et CANDÈS, Emmanuel J. Gene hunting with hidden Markov model knockoffs. Biometrika, 2019, vol. 106, no 1, p. 1-18. - https://doi.org/10.1093/biomet/asy033
  • SESIA, Matteo, KATSEVICH, Eugene, BATES, Stephen, et al. Multi-resolution localization of causal variants across the genome. Nature communications, 2020, vol. 11, no 1, p. 1-10. - http://dx.doi.org/10.1038/s41467-020-14791-2
  • KATSEVICH, Eugene et SABATTI, Chiara. Multilayer knockoff filter: Controlled variable selection at multiple resolutions. The annals of applied statistics, 2019, vol. 13, no 1, p. 1. - http://dx.doi.org/10.1214/18-AOAS1185
  • KATSEVICH, Eugene, SABATTI, Chiara, et BOGOMOLOV, Marina. Controlling FDR while highlighting selected discoveries. arXiv preprint arXiv:1809.01792, 2018. - https://arxiv.org/abs/1809.01792

Document(s)

Dernières questions liées sur MathOverflow

Pour poser une question, votre compte Carmin.tv doit être connecté à mathoverflow

Poser une question sur MathOverflow




Inscrivez-vous

  • Mettez des vidéos en favori
  • Ajoutez des vidéos à regarder plus tard &
    conservez votre historique de consultation
  • Commentez avec la communauté
    scientifique
  • Recevez des notifications de mise à jour
    de vos sujets favoris
Copyright Carmin.tv 2024
En poursuivant votre navigation sur ce site, vous acceptez l'utilisation de cookies pour améliorer votre expérience. En savoir plus sur notre politique de confidentialité.
Accepter
Donner son avis